Ajax

Mặc dù Sneijder không sinh tại Amsterdam nhưng anh đã gia nhập trường đào tạo cầu thủ trẻ của Ajax. Anh có trận đấu đầu tiên cho Ajax vào ngày 22 tháng 12 năm 2002 trong trận gặp Excelsior. Trong khoảng thời gian thi đấu cho Ajax từ năm 2002 đến 2007, Sneijder đã ghi được 55 bàn qua 174 trận đấu trên mọi mặt trận. Mặc dù thể hình thấp bé nhưng Sneijder có kỹ thuật cá nhân cực tốt, khả năng chuyền bóng chính xác và còn là 1 chuyên gia sút phạt trực tiếp.

Real Madrid

Ngày 12 tháng 8 năm 2007, Ajax đồng ý chuyển nhượng Sneijder cho Real Madrid với mức giá 18,3 triệu £ (hơn 27 triệu €). Anh là một trong 3 cầu thủ người Hà Lan được Real Madrid mang về trong kì chuyển nhượng hè 2007 là Royston Drenthe và Arjen Robben. Anh mang áo số 23, số áo cũ của David Beckham. Thế nhưng ngay sau khi Robinho chuyển đến Manchester City, Sneijder đã chuyển sang áo số 10,[3] còn số áo 23 được trao lại cho Rafael van der Vaart.[4]

Trong trận đấu đầu tiên tại La Liga cho Real Madrid gặp Atlético Madrid, anh ghi 1 bàn. Trong trận thứ 2 gặp Villareal, anh ghi 2 bàn trong đó có 1 bàn từ đá phạt trực tiếp góp phần giúp Real thắng 5-0.

Kết thúc mùa giải 2007/08, sau 30 lần ra sân tại La Liga, anh ghi được 9 bàn và cùng Real Madrid giành danh hiệu vô địch La Liga. Tuy nhiên, trước khi mùa giải 2009/10 khởi tranh, Sneijder không còn được Real trọng dụng và đội bóng Hoàng gia Tây Ban Nha đã quyết định bán anh cho câu lạc bộ Ý Inter Milan vào cuối kì chuyển nhượng mùa hè. Sau 2 năm thi đấu cho Real, anh ghi được 11 bàn thắng trong 52 trận.

Inter Milan

Ngày 27 tháng 8 năm 2009, Sneijder đã được câu lạc bộ Ý Inter Milan mua lại từ Real Madrid với phí chuyển nhượng 15 triệu €,[5][6] cùng bản hợp đồng có thời hạn 4 năm.[7][8]

Ngay khi vừa chuyển đến Inter, huấn luyện viên người Bồ Đào Nha Jose Mourinho đã tung ngay anh vào sân và đá cặp cùng với Thiago Motta ở vị trí tiền vệ trung tâm trong trận Derby thành Milan gặp AC Milan vào ngày 30 tháng 8. Màn trình diễn ấn tượng của anh đã đem về chiến thắng 4-0 cho Inter. Ngoài ra, do vào bóng thô bạo với anh, tiền vệ Gennaro Gattuso đã phải nhận thẻ vàng thứ 2 và bị truất quyền thi đấu.[9][10] Bàn thắng đầu tiên của Sneijder cho Inter Milan là bàn thắng ấn định chiến thắng chung cuộc 2-1 cho Inter ở phút bù giờ thứ 3 trong trận đấu với Udinese.[11][12]